Управление основано на принципах демократичности, приоритета общечеловеческих ценностей, жизни и здоровья человека, свободного развития личности, единоначалия и коллегиальности.
Непосредственное руководство осуществляет администрация Учреждения в лице директора и его заместителей.

   Коллегиальными органами управления ГАУДО МФТСЦ  являются:

– общее собрание работников  учреждения,

-педагогическийсовет.
   Общее собрание – постоянно действующий коллегиальный орган управления с бессрочным сроком полномочий. Принимает правила внутреннего трудового распорядка, коллективный договор и иные локальные акты, содержащие условия премирования и стимулирования работников, представления работников к награждению.
    Педагогический совет ГАУДО МФТСЦ    утверждает программу развития Учреждения, учебные планы и образовательные программы, определяет основные направления инновационной, опытно-экспериментальной, исследовательской деятельности, определяет основные стратегические направления учебно-воспитательного процесса, организует работу по повышению квалификации педагогических работников, по распространению передового опыта, одобряет локальные акты, регламентирующие организацию образовательного процесса в Учреждении.

    На сегодняшний день в ГАУДО МФТСЦ сложилась организационная структура, включающая:

• Отдел туризма и спортивного ориентирования  (руководитель — Андросов Я.Е., ст. методист);
• Отдел краеведения (руководитель — Павлова Е.С., ст. методист);
• Информационно-методический отдел  (руководитель — Пономарева М.А., ст. методист);
• Отдел спортивно-оздоровительной  работы  (руководитель — Шмыренкова Л.Г., методист);
• Инженерно-технический отдел  (руководитель — Виноградов В.Л. , заместитель директора);
• Бухгалтерия  (руководитель — Безикова Н.В., главный бухгалтер);

  Первое условие эффективности управленческой деятельности – чёткое определение её принципов. Реализация их предполагает выбор организационной модели управления.
В ГАУДО МФТСЦ  сформирована линейная иерархическая структура управления: руководитель единолично отвечает за работу подчинённых звеньев и подчиняется вышестоящему начальнику.
  Администрацией ГАУДО МФТСЦ    сформулированы следующие принципы управления: лояльность к работающим; честность и доверие к людям; умение слушать всех, с кем сталкивается в своей работе руководитель; соблюдение этических норм профессиональной деятельности; ориентация на удовлетворённость людей своей работой; создание в учреждении атмосферы, способствующей раскрытию потенциала каждого работника; обязательное установление долевого участия каждого работника в общих результатах; привлечение работников к обсуждению перспектив развития учреждения; прогнозирование развития образовательного учреждения в будущем; своевременная реакция на изменения в окружающей среде; постоянное совершенствование качества личной работы управленческого персонала; готовность управленческого персонала к ответственности.
    В  ГАУДО МФТСЦ  созданы и такие организационные модели, которые обеспечивают решение конкретной задачи в установленные сроки: управление проектами, целевыми программами, подготовка и проведение мероприятий. Для решения подобных задач создаются временные команды – координационные советы, временные творческие коллективы, советы по управлению конкретным проектом, творческий совет.
    Поиски путей совершенствования организационных моделей управления в  ГАУДО МФТСЦ  направлены на упрощение управленческих структур, сокращение числа звеньев, на сокращение управленческого персонала при одновременном увеличении числа лиц, принимающих решение, на обеспечение компетентности, качества принимающих решений за счёт развития аналитических и информационных служб.